- Avant l’indépendance

Créée par la première Constitution du Dahomey, et régie à l'époque par la loi n°59-7 du 14 Mars 1959, fixant l'organisation, les compétences et les règles de fonctionnement du Tribunal d'Etat, la Section des Comptes (juridiction financière) était chargée du jugement des comptes de la République, des Collectivités et des Etablissements publics. Composée d'un président et de quatre (04) conseillers dont le trésorier payeur et le contrôleur financier, elle devait, conformément aux articles 15 et 16 de cette loi, adresser chaque année au Premier Ministre et à l'Assemblée Législative, un rapport d'ensemble sur l'exécution du Budget de la République.

- Après l’indépendance

Après l’accession du Bénin à l’indépendance le 1er août 1960, est née la Chambre des comptes, une des quatre composantes de la Cour suprême aux termes de l’article 1er de la loi n°61-42 du 18 octobre 1961 relative à l’organisation et au fonctionnement de la Cour suprême. Cette loi a, par la suite, laissé place à l’ordonnance n°21/PR du 26 avril 1966 qui a régi la Cour suprême jusqu’en 1981. Aux termes de cette dernière loi, la Cour suprême dénommée Cour populaire centrale était composée, avec la suppression de la Chambre constitutionnelle comme suit :

- une Chambre administrative,

- une Chambre judiciaire,

- une Chambre des comptes. 

- Après la Conférence nationale

Suite à la Conférence des forces vives de la Nation qui a vu le retour de la séparation des pouvoirs, la loi n°90-012 du 1er juin 1990 a été votée pour modifier et remettre en vigueur l’ordonnance n°21/PR du 26 avril 1966. Cette ordonnance a régi la Cour suprême jusqu’en 2007, année au cours de laquelle de nouveaux textes ont été adoptés. Il s’agit de la loi n°2004-07 du 23 octobre 2007 portant composition, organisation, fonctionnement et attributions de la Cour suprême et de la loi n°2004-20 du 17 août 2007 portant règles de procédures applicables devant les formations juridictionnelles de la Cour suprême. Ces deux lois définissent entre autres, les attributions de la Chambre des comptes, son organisation et son fonctionnement. 

- De la Chambre des comptes de la Cour suprême à la Cour des comptes

Le Traité de l’Union Economique et Monétaire Ouest-Africaine (UEMOA) du 10 janvier 1994 dispose en son article 68, alinéa 2, que chaque Etat membre doit, pour le contrôle de ses comptes publics :

• instituer une Cour des comptes nationale ou, à défaut ;

• recourir au contrôle de la Cour des comptes de l’Union.

En 2000, l’UEMOA a rappelé l’intérêt et l’urgence de la question de la création de la Cour des comptes à travers la directive N°02/2000 du 29 juin 2000 portant adoption du code de transparence dans la gestion des finances publiques par les Etats. Cette directive a précisé que les États membres doivent créer des Cours des comptes autonomes au plus tard le 31 décembre 2002.

Les différents gouvernements qui se sont succédé au Bénin depuis 1996 ont mis en place des comités en charge de préparer les projets de textes en vue de la création de la Cour des comptes.