Le parcours historique de la Chambre des comptes est intimement lié à celui de la Cour Suprême dont elle a toujours été une composante. Les différents textes et lois  successifs qui ont organisé le fonctionnement de la Cour Suprême ont toujours prévu cette chambre comme un important instrument de contrôle, même si à certaines périodes, son existence n’a été que de forme.

D’une simple session à la faveur de la constitution du 28 février 1959, l’institution supérieure de contrôle financier a, au lendemain des indépendances, acquis le statut de chambre grâce à la Constitution du 26 novembre 1960. Elle gardera ce statut jusqu’à ce jour. Il est à noter que depuis 1999, une directive de l’UEMOA impose à tous les pays membres, la création d’une Cour des Comptes dans le but d’une efficacité. Seuls le Bénin et le Mali tardent à se conformer à cette directive malgré les pressions des partenaires au développement

Avec l’avènement de l’actuel régime, les choses semblent mieux se préciser pour un espoir d’érection imminente de la Chambre des comptes en une Cour des Comptes autonome et indépendante.