Les magistrats de la Cour sont nommés à la suite d'une évaluation d'aptitude faite d'une sélection sur dossier et une évaluation par le biais d'épreuves écrites et orales au terme d'un appel à candidatures. Ceci ne s'applique pas au Président de la Cour, aux Présidents de chambre et au Procureur général.
Les auditeurs, quant à eux, sont nommés par ordonnance du Président de la Cour. Toute nomination à la Cour des comptes doit être fondée sur la compétence et la probité.
Les profils requis pour être nommé Président de la Cour, Président de chambre ou Conseillers, Procureur général ou Avocats généraux sont :
- magistrat,
- juriste de haut niveau,
- inspecteur des finances,
- administrateur du trésor ou des impôts,
- administrateur des services financiers,
- économiste gestionnaire ou expert-comptable ayant accompli quinze ans au moins d'expérience professionnelle (dans le cas du Président), de pratique professionnelle (pour les autres).
Quant aux Auditeurs à la Cour des comptes, ils doivent répondre aux profils de juriste, d'inspecteur des finances, d'administrateur du trésor ou des impôts, d'administrateur des services financiers, d'économiste gestionnaire ou d'expert-comptable, avec une pratique professionnelle de cinq ans au moins.